Links e Documenti utili
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- Sunto crediti formativi
- Modulo ordini
- Modulo acquisto beni e servizi
- Autorizzazione soggiorni estero
- Progetto formativo individuale
- PhD Training Plan
Verbali
- Verbale della riunione del Collegio Docenti in data 27-04-2023 N. 3
- Verbale della riunione del Collegio Docenti in data 26-01-2023 N. 2
- Verbale della riunione del Collegio Docenti in data 11-10-2022 N. 1
Riferimenti normativi
Disabilità e DSA
- Dettagli
Servizio di Ateneo di supporto agli studenti con disabilità e/o DSA
Servizi agli Studenti con Disabilità
Mappe concettuali per gli esami: linee guida
INFORMAZIONI E INDICAZIONI PER I DOCENTI
Integrazione Vademecum: suddivisione esame - prove parziali
Mappe concettuali per gli esami: linee guida
Disabilità/DSA/ADHD: Informazioni e indicazioni essenziali per docenti
Referente del Dipartimento per gli studenti con disabilità e/o con DSA
Prof. Oriana Piermatti
Email: Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo.
Tel.: 075.585.5559
Obiettivi formativi
- Dettagli
Gli obiettivi formativi che il dottorato in Scienze Biologiche e Naturali intende sviluppare come formazione all'attività di ricerca fondamentale e applicata per il benessere dell'uomo in armonia con la salvaguardia dell'ambiente naturale sono:
1° anno
- apprendimento di conoscenze teoriche e sperimentali con lezioni e attività di laboratorio.
2° anno
- sviluppo del progetto di ricerca,
- partecipazione a congressi,
- partecipazione ad attività didattiche e di training.
3° anno
- partecipazione ad attività didattiche e di training,
- ricerca e stesura della tesi sperimentale.
Tali obiettivi verranno inoltre integrati con attività di didattica e di ricerca per la tesi, in sede o all’estero.
PhD Training Plan (download)
The doctoral student will establish the training plan in agreement with the supervising professor. The training plan (180 credits) consists of:
- a) Carrying out, under the guidance of a supervisor, an individual research program approved by the PhD board and related to a disciplinary field within those provided by the PhD Course. The research activities carried out by the PhD student must be presented at the end of the three years in at least 3 scientific publications submitted to international indexed journals (ISI-SCOPUS journals), of which at least one already accepted for publication. At least in one paper the PhD student has to be the first author or corresponding author. The research program must include a period abroad at a certified University/research institution lasting at least six months (even non-continuous).
- b) Engaging in complementary educational and training activities useful to carry out the research activity, in which the PhD student must earn at least 30 credits. These activities include:
- Attendance (and passing of any final exams) of specific courses (activities A and B, Tables A and B at the end of this file) on topics related to the two curricula of the PhD organized within the framework of the PhD in Biological and Naturalistic Sciences or other equivalent courses organized by other doctoral programs, including those abroad. The number of ECTS credits that can be acquired is indicated next to each course in the table. At the end of the three years the PhD student has to gain at least 12 ECTS belonging to activities A and B.
- Attendance (and passing of final exams) of courses related to soft skills (Table C, Table at the end of this file). The number of ECTS credits that can be acquired is indicated next to each course on the calendar. At the end of the three years the PhD student has to gain at least 6 ECTS belonging to activities C.
- Participation to the Summer School organized by the PhD board or to any other national or international schools related to the themes of the two curricula of the PhD (1 ECTS credits per day) or to national (0.5 ECTS credits per day) or international (1 ECTS credits per day) conferences on topics related to the two curricula of the PhD (activity D). At the end of the three years the PhD student has to gain at least 3 ECTS belonging to activities D.
- Participation to national (0. 5 ECTS per 6 hour) or international (1 ECTS per 6 hour) seminars (activity D) given by members of the PhD board of the PhD topics or by national and international experts on topics related to the two curricula of the PhD course.
- Scientific dissemination activities (scientific oral presentation personally given by the doctoral student) are recommended (no credits for this activity).
- The doctoral student can engage in supplementary teaching activities, didattica integrativa (maximum 30 hours each year) or tutoring activities (terza missione o tutoraggio) (maximum 30 hours each year) (no credits for this activity).
- At the end of the PhD program, the PhD student must have obtained an English language certificate at level C1. Phd students have the opportunity to participate in foreign language courses at the University's Language Center (CLA) and obtain certified assessment in individual language skills.
All training activities organized and/or suggested by the PhD program will be scheduled on the PhD website and communicated to students and PhD board via email. At the following link each student can find useful information about the PhD course in UNIPG https://www.unipg.it/didattica/percorsi-post-laurea/dottorati-di-ricerca
At the beginning of the PhD course (within the first 4 months), each PhD student presents its Individual training plan containing the research activities he intends to pursue and the educational activities he intends to follow. Before the 10 October of each academic year, the PhD student must submit to the coordinator the Annual Report (first/second) report concerning all the training and research activities carried out; the report, shared with the tutor, consists of a file containing the research results achieved within the framework of the PhD project and a brief report on other training and supplementary teaching/tutoring activities carried out during the same period, along with the report related to the credits obtained in the training activities. The reports will be evaluated by the PhD board, which, after consulting with the PhD student and the tutor regarding progress in thesis development, will, in case of a positive evaluation, allocate the respective credits (up to 30-40 ECTS credits for the annual report on research activities and/or thesis writing). The individual Phd course ends with the writing of the thesis. The thesis, written in English, must contribute to advancing knowledge or methodologies in the chosen field of study.
PhD students have a budget for research activities in Italy and abroad, with an amount not less than 10% of the scholarship. This amount is managed directly by the Department to which the doctoral program belongs. The research budget can be used for reimbursement of expenses incurred for missions or conference registrations, seminars, schools, expenses for thesis preparation, expenses for organizing seminars and conferences with external lecturers, purchase of consumables, services, and maintenance of equipment and instruments. In this context, a small amount of euros per doctoral student can be used for organizing the annual Summer School of the PhD in Biological and Natural Sciences (held every year) and other activities aimed at implementing the individual training plan of the PhD students.
Laurea Triennale in Biotecnologie
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Presidente Consiglio Intercorso:Prof.ssa Sabata Martino Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo.
Sede: Polo Biotecnologico - Via del Giochetto - Perugia
Tipo di corso: Laurea triennale
Classe di Corso: Classe - L2 - Lauree in biotecnologie
Riferimenti:
- Segreteria didattica del Corso di Laurea (email: Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo. - Tel. 075 585 7481 - 075 585 7413)
- Segreteria didattica del Dipartimento di Chimica Biologia e Biotecnologie (email: Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo. - Tel. 075 585 5643 - 075 585 5633 - 075 585 5635)
Lingua: prevalentemente in Italiano con alcuni insegnamenti in Inglese
Corso:
Conseguimento Doppio Titolo Accademico
Aziende che collaborano con il Corso di Studio
Convenzioni per attività di tesi e tirocinio
Corso on line di Prevenzione e Sicurezza
Erasmus e internazionalizzazione
A.A. 2024 - 2025
Comunicazione inportante: l'inizio delle lezioni dei corsi in Biotecnologie è fissato per il giorno 23 settembre 2024.
Modalità di Iscrizione e prova di verifica preparazione iniziale
Insegnamenti erogati A.A. 2024/2025
Informazioni per gli Immatricolati nell'A.A. 2024/2025: Manifesto, Regolamento
Orario delle lezioni:
Primo anno - primo semestre Canale A
Primo anno - primo semestre Canale B
Secondo anno - primo semestre Canale A
Secondo anno - primo semestre Canale B
Terzo anno - calendario esercitazioni pratiche
A.A. 2023 - 2024
Modalità di Iscrizione e prova di verifica preparazione iniziale
Insegnamenti erogati A.A. 2023/2024
Informazioni per gli Immatricolati nell'A.A. 2023/2024: Manifesto, Regolamento
Orario delle lezioni:
Primo anno - secondo semestre Canale A
Primo anno - secondo semestre Canale B
Secondo anno - secondo semestre Canale A
Secondo anno - secondo semestre Canale B
Primo anno - primo semestre Canale A
Primo anno - primo semestre Canale B
Secondo anno - primo semestre Canale A
Secondo anno - primo semestre Canale B
Terzo anno - primo semestre - Percorso Agrario e Ambientale.
Terzo anno - primo semestre - Percorso Farmaceutico
Terzo anno - primo semestre - Percorso Medico
Terzo anno - primo semestre - Percorso Molec. e Ind.
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Veterinario
A.A. 2022 - 2023
Orario delle lezioni:
Primo anno - secondo semestre Canale A
Primo anno - secondo semestre Canale B
Secondo anno - secondo semestre Canale A
Secondo anno - secondo semestre Canale B
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Agrario e Ambientale.
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Farmaceutico
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Medico
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Molec. e Ind.
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Veterinario
Corso a scelta Didattica della zoologia
Primo anno - primo semestre Canale A
Primo anno - primo semestre Canale B
Secondo anno - primo semestre Canale A
Secondo anno - primo semestre Canale B
Terzo anno - primo semestre - Percorso Agrario e Ambientale.
Terzo anno - primo semestre - Percorso Farmaceutico
Terzo anno - primo semestre - Percorso Medico
Terzo anno - primo semestre - Percorso Molec. e Ind.
Terzo anno - primo semestre - Percorso Veterinario
Corso a scelta Didattica della biochimica
A.A. 2021 - 2022
Orario delle lezioni:
Primo anno - secondo semestre Canale A
Primo anno - secondo semestre Canale B
Secondo anno - secondo semestre Canale A
Secondo anno - secondo semestre Canale B
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Agrario e Amb.
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Farmaceutico
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Medico
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Molec. e Ind.
Terzo anno - secondo semestre - Percorso Veterinario
Terzo anno - secondo semestre - Pidattica della Zoologia (corso a scelta)
Calendario Esami:
A.A. 2020 - 2021
Informazioni per gli Immatricolati nell'A.A. 2020/2021: Manifesto, Regolamento
A.A. 2019 - 2020
Informazioni per gli Immatricolati nell'A.A. 2019/2020: Manifesto, Regolamento
A.A. 2018 - 2019
Informazioni per gli Immatricolati nell'A.A. 2018/2019: Manifesto, Regolamento
Didattica, Scuole e Attività formative
- Dettagli
Training activities scheduled in the academic year 2024/2025
|
Teaching module |
no. CFU hours |
SSD |
Final test |
teacher |
Period |
YEAR |
Curriculum |
||||
|
Electrophysiological approach through the patch clamp technique |
1(6) |
BIO/09 |
oral exam |
Antonio Michelucci |
29-30 April 2025 aula 5 Via Elce di Sotto |
I |
PVBU |
||||
|
Diversity of Mediterranean freshwater fish |
1(6) |
BIO/07 |
oral exam |
Massimo Lorenzoni |
26-27-28 March 15.00-17.00 Via Elce di Sotto |
I |
IOA |
||||
|
R for statistical analysis of data |
2(12) |
BIO/05 |
oral exam |
Gianandrea La Porta (ex L. 240, art 23, comma 1) |
07-14-21-28 January 2025 14:30-17:30 aula 4 Via Elce di Sotto |
I |
All curricula |
||||
|
LIFE Programme: the EU's funding instrument for the environment |
1(6) |
BIO/05 |
oral exam |
Matteo Pallottini (ex L. 240, art 23, comma 1) |
9-16-23 maggio 2025 11:00-13:00 aula 4 Via Elce di Sotto |
I |
IOA |
||||
|
Evaluation of metals environmental pollution: techniques and implications for biota and health |
1(6) |
CHIM/12 |
oral exam |
Chiara Petroselli (ex L. 240, art 23, comma 1) |
10-14-18 March 2025 11.00-13.00 Via Elce di Sotto |
I |
IOA |
||||
|
Climate change in the Arctic environment: monitoring and future prospects |
1(6) |
CHIM/O 7 |
oral exam |
David Cappelletti |
20-21-22 January 2025 11.00-13.00 |
II |
IOA |
||||
|
Molecular Dynamics techniques applied to biological macromolecules |
1(6) |
BIO/09 |
oral exam |
Luigi Catacuzzeno |
24-31 January 2025 aula 5 Via Elce di Sotto |
II |
PVBU |
||||
|
Ecology of zoonoses: environmental changes and emergence of new viruses |
1(6) |
MED/07 |
oral exam |
Barbara Camilloni |
5-19 March 2025 15.00-17.00 Via Elce di Sotto |
II |
PVBU |
||||
|
Biological risk in the anthropic environment: analysis methods and impact on human health |
1(6) |
BIO/19 |
oral exam |
Ermanno Federici |
4-6 June 2025 14:00 – 17:00 Via del giochetto |
II |
PVBU |
||||
|
Synergistic effects of climate change and biological invasions in Mediterranean freshwater ecosystems |
1(6) |
BIO/07 |
oral exam |
Antonella Carosi |
18-21-25 March 2025 9.00-11.00. Via Elce di Sotto |
II |
IOA |
||||
|
Microbial biofilms: biological and technological aspects |
1(6) |
MED/07 |
oral exam |
Donatella Pietrella |
26-27 June 2025 14:00 - 17:00 Via del giochetto |
II |
PVBU |
||||
|
Clustering and phylogeny in genomic investigations |
1(6) |
BIO/18 |
oral exam |
Hovirag Lancioni |
3-10 March 08.00-11.00 Via Elce di Sotto |
Il |
IOA |
||||
|
Molecular epidemiology |
1(6) |
MED/42 |
oral exam |
Roberto Fabiani |
17-18 March 14:00-17:00 Via del giochetto |
II |
PVBU |
||||
|
Microscopy techniques in functional morphology: from basic research to biomimetics |
1(6) |
BIO/05 |
oral exam |
Manuela Rebora |
5-6-7 February 11-13 Via Elce di Sotto |
II |
IOA |
||||
|
Insect sensory systems: techniques for electrophysiological and behavioural investigations |
1(6) |
BIO/05 |
oral exam |
Silvana Piersanti |
16-17 January 10.00-13.00 Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari e Ambientali, San Pietro |
II |
IOA |
||||
Attività formative calendarizzate nell'a.a. 2023/2024
Secondo semestre
| Modulo | ore | cfu | docente | SSD | Anno | Periodo | Titolo corso inglese | Date |
| Sicurezza in laboratorio: rischio chimico e biologico | 3 | 0.5 | Daniele Del Buono (docente del DSA3 UNIPG, corso mutuato) | AGR/13 | 1° | Secondo semestre | Lab safety: chemical and biological risks | 8-9 APRILE, 14:30-17:30 |
| Come scrivere un lavoro scientifico | 3 | 0.5 | Antonio Michelucci (componente del Collegio dei docenti) | BIO/09 | 1° | Secondo semestre | How to write a scientific paper | 10-May-24 |
| MS Office | 6 | 1 | Massimo Lorenzoni (componente del Collegio dei docenti) | BIO/07 | 1° | Secondo semestre | MS Office | 16-18-23 aprile mattina |
| R per l'analisi statistica dei dati biologici | 12 | 2 | Gianandrea La Porta (tecnico del DCBB UNIPG esperto di analisi statistica) | - | 1° | Secondo semestre | Statistics Using R with Biological Examples | settembre/ottobre 2024 |
| Il programma LIFE: lo strumento di finanziamento dell'UE per l'ambiente. | 6 | 1 | Matteo Pallottini (assegnista del DCBB UNIPG che fa parte del progetto LIFE IMAGINE ) | - | 1° | Secondo semestre | LIFE Programme: the EU’s funding instrument for the environment | 3, 10, 17 maggio 2024 |
| Cambiamento climatico in ambiente artico: monitoraggio e prospettive future | 9 | 1.5 | David Cappelletti (docente esperto del DCBB UNIPG) | CHIM/07 | 2° | Secondo semestre | Monitoring and Assessing Arctic Climate Change | 19-20-21 giugno |
| Approccio metodoliogico alla valutazione del rischio biologico negli ambienti antropizzati | 6 | 1 | Ermanno Federici (componente del Collegio dei docenti) | BIO/19 | 2° | Secondo semestre | Methodologies for the evaluation of the biological risk in the built environment | 17-24 maggio |
| Interazioni tra cambiamenti climatici e invasioni biologiche negli ecosistemi di acqua dolce mediterranei | 6 | 1 | Antonella Carosi (RTDA del DCBB UNIPG) | BIO/07 | 2° | Secondo semestre | Synergistic effects of climate change and biological invasions in Mediterranean freshwater ecosystems | 18-21-25 marzo dalle 9.00 alle 11.00. |
| Biofilm microbici: aspetti biologici e tecnologici | 6 | 1 | Donatella Pietrella (componente del Collegio dei docenti) | MED/07 | 2° | Secondo semestre | Microbial biofilms: biological and technological aspects | 28 giugno, 5 e 8 luglio ore 15:00-17:00 |
| Analisi filogenetiche a partire da genomi a trasmissione uniparentale | 6 | 1 | Hovirag Lancioni (componente del Collegio dei docenti) |
BIO/18 |
2° | Secondo semestre | Phylogenetic reconstruction from uniparentally inherited genomes | 8 e 15 aprile |
Primo semestre
| Modulo | Ore | CFU | docente | SSD | Anno | Periodo | Titolo in Inglese | Date | |
| Database bibliografici, principi di bibliometria e gestione della bibliografia | 3 | 0.5 | Gianandrea Salerno (docente del DSA3 UNIPG, corso mutuato) | AGR/11 | 1° | Primo semestre | Bibliographic databases, principles of bibliometrics and bibliography management | contattare il Docente | |
| Simulazioni atomiche e modelli multiscala nella comprensione del rapporto struttura funzione delle macromolecole biologiche | 6 | 1 | Luigi Catacuzzeno (componente del Collegio dei docenti) | BIO/09 | 2° | Primo semestre | Atomic simulations and multiscale modeling in the understanding of the structure-function relationship of biological macromolecules | 27 novembre, 1 e 4 dicembre, dalle 16.00 alle 18.00 | |
| Ecologia delle zoonosi: impatto dei cambiamenti ambientali sulla comparsa di nuovi virus | 6 | 1 | Barbara Camilloni (componente del Collegio dei docenti) | MED/07 | 2° | Primo semestre | Ecology of zoonoses: environmental changes and emergence of new viruses | 8 e 22 febbraio 2024 | |
| Approccio metodoliogico alla valutazione del rischio biologico negli ambienti antropizzati | 6 | 1 | Ermanno Federici (componente del Collegio dei docenti) | BIO/19 | 2° | Primo semestre | Methodologies for the evaluation of the biological risk in the built environment | 15 e 29 febbraio 2024 | |
Attività formative previste nell'a.a. 2022/2023
| Modulo | Ore | CFU | docente | SSD | Componente collegio | Anno | Periodo |
| Database bibliografici, principi di bibliometria e gestione della bibliografia | 3 | 0.5 | Gianandrea Salerno | AGR/11 | no | 1° | Primo semestre |
| Sicurezza in laboratorio: rischio chimico e biologico | 3 | 0.5 | Daniele Del Buono | AGR/13 | no | 1° | Secondo semestre |
| Come scrivere un lavoro scientifico | 3 | 0.5 | Antonio Michelucci | BIO/09 | si | 1° | Secondo semestre |
| Corso di office | 6 | 1 | Massimo Lorenzoni | BIO/07 | si | 1° | Secondo semestre |
| R per l'analisi statistica dei dati biologici | 12 | 2 | Gianandrea La Porta | no | 1° | Secondo semestre | |
| Il programma di ricerca europeo LIFE | 6 | 1 | Matteo Pallottini | no | 1° | Secondo semestre | |
| Cambiamento climatico in ambiente artico: monitoraggio e prospettive future | 9 | 1.5 | David Cappelletti | CHIM/07 | no | 2° | Primo semestre |
| Simulazioni atomiche e modelli multiscala nella comprensione del rapporto struttura funzione delle macromolecole biologiche | 6 | 1 | Luigi Catacuzzeno | BIO/09 | si | 2° | Primo semestre |
| Ecologia delle zoonosi: impatto dei cambiamenti ambientali sulla comparsa di nuovi virus | 6 | 1 | Barbara Camilloni | MED/07 | si | 2° | Primo semestre |
| Il rischio biologico nell'ambiente atropizzato: metodiche di analisi e impatto sulla salute umana | 6 | 1 | Ermanno Federici | BIO/19 | si | 2° | Secondo semestre |
| Interazioni tra cambiamenti climatici e invasioni biologiche negli ecosistemi di acqua dolce mediterranei | 6 | 1 | Antonella Carosi | BIO/07 | no | 2° | Secondo semestre |
| Biofilm microbici: aspetti biologici e tecnologici | 6 | 1 | Donatella Pietrella | MED/07 | si | 2° | Secondo semestre |
| Clustering e filogenesi nelle indagini genomiche | 6 | 1 | Hovirag Lancioni | BIO/18 | si | 2° | Secondo semestre |
| La genetica dei disturbi alimentari | 3 | 0.5 | Tommaso Beccari | BIO/10 | si | 3° | Primo semestre |
| Epidemiologia molecolare | 3 | 0.5 | Patrizia Rosignoli, Roberto Fabiani | MED/42 | si | 3° | Primo semestre |
| Come si effettua una revisione di un lavoro scientifico | 3 | 0.5 | Manuela Rebora | BIO/05 | si | 3° | Primo semestre |
| Come si imposta e si scrive una Tesi di Dottorato | 3 | 0.5 | Manuela Rebora | BIO/05 | si | 3° | Primo semestre |
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Attività formative in programmazione
Primo anno
| Denominazione dell'insegnamento | Descrizione del corso | Eventuale curriculum di riferimento |
|---|---|---|
| Sicurezza in laboratorio: rischio chimico e biologico (Ore totali: 3) |
Il corso si propone di illustrare agli studenti il comportamento appropriato in laboratorio riguardo all'uso di sostanze chimiche e altri agenti. Dopo una breve rassegna delle vigenti normative di sicurezza in Italia, verranno introdotti e discussi il concetto di pericolo, relativo alle sostanze utilizzate, e quello di rischio, relativo alle proprietà chimiche e fisiche dei composti comunemente impiegati nei laboratori. In particolare verranno affrontati alcuni aspetti rilevanti per la riduzione del rischio, come la corretta interpretazione della scheda di sicurezza delle sostanze chimiche e delle frasi di rischio e dei consigli di prudenza. Particolare attenzione sarà infine riservata ai vari dispositivi di protezione individuale da scegliere e adottare per l'attività svolta in laboratorio e alle sostanze utilizzate laboratori. In particolare verranno affrontati alcuni aspetti rilevanti per la riduzione del rischio, come la corretta interpretazione della scheda di sicurezza delle sostanze chimiche e delle frasi di rischio e dei consigli di prudenza. Particolare attenzione sarà infine riservata ai vari dispositivi di protezione individuale da scegliere e adottare per l'attività svolta in laboratorio e alle sostanze utilizzate |
INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Database bibliografici, principi di bibliometria e gestione della bibliografia (Ore totali: 3) |
Il corso fornisce una breve descrizione dei più comuni database bibliografici con maggior riferimento a Scopus e WOS (Web of science) e indica i principali metodi e finalità di ricerca bibliografica. Si forniscono informazioni sulla valutazione della ricerca, sulle origini, caratteristiche e finalità della bibliometria, sul ruolo e l'importanza delle citazioni e le possibili problematiche da queste derivanti. Si forniscono informazioni relative ai diversi indicatori bibliometrici indicandone il significato e il metodo di calcolo. Si illustrano le caratteristiche e il funzionamento dei database citazionali internazionali (Web of science e Scopus) e di Google Scholar evidenziandone possibili limiti e criticità. Si forniscono esempi di applicazione degli indicatori bibliometrici per la valutazione dei singoli o delle strutture (Unità di ricerca, Dipartimenti, Atenei) nel quadro delle applicazioni italiane (ASN, VQR) |
INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Come scrivere un lavoro scientifico (Ore totali: 6) |
Il metodo scientifico. Discussione sulle attività di ricerca dei dottorandi e differenze nel metodo scientifico. L'importanza dell'editoria. I miei dati sono idonei alla pubblicazione? Scrittura e revisione del manoscritto: titolo, autori, abstract, parole chiave, abstract grafico; introduzione; Materiali e metodi; risultati, grafici e tabelle; discussione; conclusioni; ringraziamenti; Riferimenti. Sottomissione a un giornale referenziato. Commenti del redattore e del revisore. Revisione del manoscritto prima dell'accettazione. Ogni studente di dottorato descrive brevemente il suo attuale progetto di ricerca i materiali e i metodi che sta applicando. Compito in classe: "Scrivere i materiali e i metodi del mio lavoro" o "Suggerimenti per scrivere un articolo di revisione o un capitolo di un libro" |
INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| R per l'analisi statistica dei dati biologici (Ore totali: 12) |
La scienza dei dati è il processo di trasformazione dei dati in conoscenza e R è uno dei linguaggi di programmazione più popolari utilizzati in ambito scientifico. Il corso si propone di fornire agli studenti: i) le competenze necessarie per utilizzare il linguaggio di programmazione R, ii) i principi dell'analisi e la trasformazione dei dati, e iii) le funzioni per l'applicazione di statistiche descrittive e multivariate, le rappresentazioni grafiche e lo sviluppo di modelli statistici. | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
Secondo anno
| Denominazione dell'insegnamento | Descrizione del corso | Eventuale curriculum di riferimento |
|---|---|---|
| Simulazioni atomiche e modelli multiscala nella comprensione del rapporto struttura funzione delle macromolecole biologiche" (Ore totali: 6) |
La crescente disponibilità di banche dati con informazioni sulla struttura atomica delle macromolecole biologiche offre la possibilità di comprendere a livello atomico il loro comportamento e di definire il rapporto tra la struttura e la funzione. A tale scopo puo' essere utilizzata la Dinamica Molecolare, attraverso la quale il comportamento dinamico della macromolecola e' predetto sulla base delle leggi del moto, utilizzando un modello di interazioni atomiche ben calibrato da dati sperimentali. Allo scopo di fornire al dottorando le competenze su tale metodologia, il corso illustrerà vari software che permettono di fare simulazioni di DM e analizzare i dati ottenuti in termini di profili energetici e caratteristiche dinamiche del sistema. A causa della limitata forza di calcolo e i conseguenti ridotti tempi di simulazione e' spesso necessario utilizzare un approccio multi-scala, attraverso il quale i dati di dinamica molecolare vengono utilizzati al fine di stimare il valore numerico di parametri appartenenti a modelli dello stesso sistema a piu' alto grado di approssimazione. Al fine di illustrate questo approccio multiscala verranno presentati agli studenti esempi pratici riguardanti le funzioni di gating and di permeazione nei canali ionici di membrana. | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Cambiamento climatico in ambiente artico: monitoraggio e prospettive future (Ore totali: 9) |
Il riscaldamento globale colpisce l'Artico due/quattro volte più velocemente di qualsiasi altra regione del pianeta. Le componenti del sistema climatico reagiscono fortemente ai cambiamenti con un impatto immediato sull'ambiente e sull'intero ecosistema. In conseguenza della crescente preoccupazione, negli ultimi due decenni la ricerca nell'Artico è cresciuta rapidamente, con l'obiettivo di comprendere meglio i processi e i meccanismi di amplificazione nonché di valutarne le conseguenze alle medie latitudini e sul resto del pianeta. Ciò che accade in Artico non rimane in Artico è un mantra oramai ben noto. Il corso inizierà con una descrizione dell'ambiente artico sia dal punto di vista dell'ecosistema naturale che da quello dei ricercatori che vi operano; saranno descritti i principali processi biogeochimici che legano le componenti del sistema climatico, le tecniche di monitoraggio nei vari campi dalla fisica e chimica dell'atmosfera, alla criosfera fino all'ambiente marino. Infine saranno discussi gli impatti attuali e gli scenari futuri. |
INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Ecologia delle zoonosi: impatto dei cambiamenti ambientali sulla comparsa di nuovi virus (Ore totali: 6) |
Caratteristiche dei virus che possono andare incontro al salto di specie. Basi biologiche della variabilità genetica dei virus (antigenic shift e antigenic drift). Metodi di laboratorio per la caratterizzazione genetica e antigenica di virus emergenti. Rapporto tra malattie trasmissibile e cambiamenti climatici. Modifiche dell'areale delle specie serbatoio o delle specie vettori. Condizioni ambientali che favoriscono il salto di specie. Misure di contenimento delle pandemie. Sistemi di sorveglianza animale e umana. Prevenzione, controllo ed eradicazione delle malattie infettive. | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Il rischio biologico nell'ambiente antropizzato: metodiche di analisi e impatto sulla salute umana (Ore totali: 6) |
Il corso ha l'obiettivo di introdurre i Dottorandi al concetto di rischio biologico, inteso come il possibile danno per la salute umana derivante dall'esposizione a qualsiasi microrganismo, coltura cellulare o endoparassita umano che potrebbe provocare infezioni, allergie o intossicazioni. In considerazione del fatto che nei paesi industrializzati l'uomo passa la maggior parte del suo tempo in luoghi chiusi, particolare attenzione sarà dedicata all'analisi delle possibili fonti di rischio biologico presenti negli ambienti antropizzati, quali edifici residenziali, occupazionali e industriali, impianti tecnologici e mezzi di trasporto. In questo contesto, saranno presentate le principali metodiche di monitoraggio microbiologico ambientale per la valutazione dei livelli di contaminazione nell'aria, nell'acqua e nelle superfici. Saranno discusse sia le metodiche microbiologiche tradizionali, volte alla valutazione degli indici di riferimento della qualità dell'aria o della ricerca di patogeni noti, sia le moderne tecniche molecolari capaci di caratterizzare in modo approfondito le comunità microbiche ambientali nella loro interezza. Infine, saranno introdotti i principi di base della Wastewater-Based Epidemiology, o epidemiologia basata sulle acque reflue, un moderno approccio di sorveglianza dell'esposizione della popolazione a specifici rischi biologici, basato sulla ricerca di marcatori molecolari riferibili ad agenti infettivi (batteri o virus) o alla resistenza agli antibiotici. | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Interazioni tra cambiamenti climatici e invasioni biologiche negli ecosistemi di acqua dolce mediterranee (Ore totali: 6) |
Il cambiamento climatico, attraverso l'effetto combinato di un progressivo riscaldamento delle acque e della diminuzione dei livelli idrici può incoraggiare la colonizzazione delle acque interne da parte di specie ittiche invasive. In tale ambito, il corso si propone di illustrare alcune tecniche di analisi di serie storiche di dati biologici e ambientali, raccolti su ambienti lacustri e fluviali dell'area mediterranea, utilizzate per evidenziare i parametri ambientali che svolgono un ruolo chiave nei processi di dispersione delle specie aliene e fare luce sui potenziali effetti sinergici tra riscaldamento globale e invasioni biologiche. Particolare attenzione sarà rivolta alle variazioni nella distribuzione da parte di alcune specie ittiche lungo il gradiente longitudinale dei corsi d'acqua mediterranei nel tentativo di inseguire il proprio optimum termico. Una seconda parte del corso sarà dedicata ai cambiamenti nella composizione delle comunità ittiche di ecosistemi lacustri in risposta alle alterazioni ambientali e alla alterazione del loro livello di trofia. Durante il corso verranno illustrati esempi di varie applicazioni di tecniche di analisi statistica multivariata e di modelli probabilistici in casi di studio riguardanti corsi d'acqua appenninici e laghi laminari. | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
Terzo anno
| Denominazione dell'insegnamento | Descrizione del corso | Eventuale curriculum di riferimento |
|---|---|---|
| Biofilm microbici: aspetti biologici e tecnologici (Ore totali: 6) |
Background: I biofilm crescono praticamente ovunque, in quasi tutti gli ambienti in cui è presente una combinazione di umidità, sostanze nutritive e una superficie. Sono stati trovati sul fondo dell'oceano come primi colonizzatori di nuove bocche di acque profonde e vivono sui ghiacciai dell'Antartico. Anche le piante hanno comunemente popolazioni microbiche associate ai loro tessuti esterni. Inoltre, in natura i biofilm costituiscono la base per le reti alimentari che nutrono organismi più grandi come le larve di insetti, che vengono consumate dai pesci, che a loro volta vengono consumati dagli uccelli. La propensione dei batteri a formare biofilm causa molti problemi in un'ampia gamma di settori. Biofilm si osservano in quasi tutti i processi industriali a base acquosa, inclusi il trattamento e la distribuzione dell'acqua, la produzione di cellulosa e carta e il funzionamento delle torri di raffreddamento. I biofilm sono responsabili ogni anno di miliardi di dollari di perdita di produttività industriale, nonché di danni ai prodotti e ai beni strumentali. I biofilm sono noti per causare l'ostruzione dei tubi, la corrosione e la contaminazione dell'acqua. In medicina i biofilm sono stati collegati, oltre che alla placca dentale, a infezioni croniche come ad esempio le ulcere peptiche causate da comunità batteriche di Helicobacter pylori. La riacutizzazione ciclica dell'otite media, è un altro esempio di una tipica infezione basata sul biofilm Obiettivi: Il corso delinea i vari aspetti dei biofilm microbici e del loro enorme impatto sulle infezioni croniche nell'uomo e veterinarie, nel campo alimentare e negli impianti idrici. Saranno descritti la struttura dei biofilm e i meccanismi molecolari implicati nella loro formazione e dispersione, quali il Quorum sensing. Saranno esposti i diversi modelli sperimentali di biofilm statici e in flusso, modelli di biofilm in vitro e in vivo per lo studio di nuovi antimicrobici e per lo sviluppo di nuovi materiali e molec... |
PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Clustering e filogenesi nelle indagini genomiche (Ore totali: 6) |
Il recente sviluppo delle tecniche di sequenziamento high-throughput, permette di ottenere sempre maggiori dettagli sulla biodiversità e sulla complessità dei genomi degli organismi viventi a diversi livelli gerarchici. In questo contesto il corso si propone di affrontare argomenti di genomica con particolare attenzione alla descrizione delle tecniche computazionali implicate. Partendo dall'assemblaggio di sequenze di DNA, verrà descritto l'approccio metodologico mirato allo studio della variabilità genomica individuale e in popolazioni e della loro distribuzione spazio-temporale. Le tecniche di clustering e di analisi filogeografica saranno quindi applicate alla ricostruzione di processi demografici di popolazioni target e della loro storia evolutiva sia a livello macro- che microgeografico. | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE |
| La genetica dei disturbi alimentari (Ore totali: 3) |
SNP (single nucleotide polymorphism) - GWSA (Genome Wide Association Study)- Geni candidati -Le basi biologiche della nutrigenomica e dell'epigenetica - I meccanismi di regolazione dell'epigenetica -Meccanismi molecolari della nutrigenomica e della nutrigenetica - Nutrigenetica e nutrigenomica Farmacogenomica Alimenti funzionali e nutraceutica - Disturbi del comportamento alimentare (Anoressa Nervosa- Bulimia nevosa- Disturbo Alimentazione Incontrollata- Binge eating) - Genetica dei disturbi alimentari. | PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Come si imposta e si scrive una Tesi di Dottorato (Ore totali: 6) |
Durante il corso verranno affrontate le modalità di preparazione della tesi di dottorato partendo dalla ricerca bibliografica e illustrando la suddivisione in capitoli della tesi. Oltre alle modalità generali sulla struttura della tesi, verranno quindi fornite indicazioni sul carattere da utilizzare, la copertina, il titolo, l'indice, il riassunto, il capitolo introduttivo, i grafici, le figure e le tabelle. Alla fine del corso gli studenti sosterranno un esame finale di verifica dell'apprendimento mediante la preparazione di presentazioni su una possibile strutturazione della propria tesi di dottorato. | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Come si effettua una revisione di un lavoro scientifico (Ore totali: 6) |
Introduzione. Revisione tra pari nella scienza. Editori di riviste scientifiche. Tipi di editori. Revisori tra pari. Recensioni cieche e in doppio cieco tra pari. Accetti di recensire? Come avvicinarsi inizialmente a un manoscritto. Diversi formati di revisione richiesti dalle riviste. Come procedere con la revisione, strategie suggerite. Redazione della revisione regole generali. Raccomandazioni del revisore. Decisione dell'editore. Ulteriori suggerimenti. Esempi di recensioni reali. La parte dell'autore contro la parte dell'editore e del recensore. Commenti del redattore e del revisore. Risposte degli autori all'editore e ai revisori, revisioni del manoscritto. Decisione finale. A volte la revisione tra pari può fallire: ritiro / ritiro del lavoro. Conclusioni ovviamente. Esame finale: domande aperte agli studenti. |
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| Epidemiologia molecolare (Ore totali: 3) |
Il corso tratterà i principi e la pratica dell'utilizzo dei biomarcatori nelle indagini epidemiologiche. Verranno studiati i diversi biomarcatori intermedi nel processo che porta alla comparsa delle principali malattie cronico-degenerative, i metodi utilizzati per determinarli, la loro validità e i vantaggi che apportano allo studio epidemiologico. Sarà approfondito lo studio delle relazioni geni-ambiente, dei polimorfismi genetici e della suscettibilità individuale. Si prenderanno in considerazione alcune applicazioni dell'epidemiologia molecolare per lo studio della diffusione e del controllo delle malattie infettive. | PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
Altre attività
| Tipo di attività | Descrizione attività | Eventuale curriculum di riferimento |
|---|---|---|
| Attività di laboratorio | Gli studenti di dottorato nel corso del primo mese avranno la possibilità di visitare i laboratori dei vari componenti del collegio docenti. Successivamente avranno la possibilità di frequentare i relativi laboratori di riferimento per acquisire dimestichezza con vari strumenti e tecniche di analisi sotto la guida dei rispettivi tutor. In tal modo acquisiranno indipendenza allo scopo di condurre autonomamente negli anni successivi le proprie ricerche. | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Seminari | Nel corso del primo anno, i docenti del collegio dottorati saranno chiamati a tenere una serie di seminari sulle tematiche della loro ricerca. Ogni anno nel mese di Novembre verrà organizzato un Workshop su tematiche inerenti il corso di dottorato a cui parteciperanno sia i docenti del collegio, sia esperti italiani e stranieri. |
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| Perfezionamento linguistico | Il Corso di Dottorato prevede il conseguimento di un certificato di lingua inglese di livello C1. I dottorandi hanno possibilità di partecipare a corsi di lingua straniera presso il Centro Linguistico d'Ateneo (CLA) con durata semestrale o annuale e valutazione conseguita nelle singole abilità linguistiche. I corsi di lingua potranno essere svolti, a scelta dello studente, nel corso dei tre anni. Saranno implementati anche corsi e periodi di formazione all'estero. | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |
| Perfezionamento informatico | Corso inerente i principali software per l'analisi di immagine Corso di software di analisi e gestione dati di carattere naturalistico e biomolecolare |
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| Gestione della ricerca e della conoscenza dei sistemi di ricerca europei e internazionali | Il programma LIFE è lo strumento di finanziamento dell'Unione Europea per l'ambiente e l'azione per il clima. LIFE è iniziato nel 1992 e nel 2022 compie 20 anni di attività. L'obiettivo generale di LIFE è contribuire all'attuazione, aggiornamento e sviluppo della politica e legislazione dell'UE in materia di ambiente e clima, cofinanziando progetti con un valore aggiunto europeo. I suoi ambiti principali sono natura e biodiversità, economia circolare e qualità della vita, mitigazione e adattamento al cambiamento climatico e transizione all'energia pulita. Nel corso sarà presentato il programma LIFE e le sue varie fasi dal 1992 ad oggi, saranno illustrati i principali step che portano dall'adesione al bando fino al conseguimento del finanziamento. I dottorandi potranno comprendere la struttura e la gestione dei progetti LIFE attraverso l'analisi di alcuni progetti già conclusi o ancora in corso. Nel corso saranno inoltre presentati i risultati di alcuni dei principali progetti europei e italiani, con un focus su quelli finanziati nell'ambito della Rete Natura 2000 nel territorio umbro. L'obiettivo del corso è quindi quello di formare i dottorandi sul programma LIFE, sulle modalità di accesso ai suoi finanziamenti e sulla struttura e gestione dei progetti finanziati. |
INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE |
| Valorizzazione e disseminazione dei risultati, della proprietà intellettuale e dell'accesso aperto ai dati e ai prodotti della ricerca | Gli studenti del corso di Dottorato dovranno pubblicare i risultati delle proprie ricerche in lavori su riviste internazionali ISI (preferibilmente open access). Gli studenti dovranno inoltre presentare in incontri annuali i risultati della loro ricerca al collegio Docenti del Dottorato. Lo studente dovrà attendere nel corso dei tre anni ad almeno un congresso nazionale od internazionale su tematiche affini agli argomenti della tesi di dottorato presentando i propri dati. |
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| Principi fondamentali di etica, uguaglianza di genere e integrità | I dottorandi saranno invitati a partecipare ai seminari su tematiche inerenti etica, ugualianza di genere e integrità organizzati dall' Ateneo di Perugia (vedi Comitato Unico di Garanzia per le pari opportunità, la valorizzazione del benessere di chi lavora e contro le discriminazioni - C.U.G dell'Ateneo di Perugia) | INTERAZIONE ORGANISMO-AMBIENTE PROCESSI VITALI E BENESSERE UMANO |